危険信号。この人・この状況はやめておけ、というサイン。
元は「赤旗=危険」という普通の比喩ですが、今は恋愛や人間関係の話で圧倒的によく使われます。That is a red flag で「それはやばいサインだ」。反対語として green flag(良い兆候)も使われます。
カジュアルですが下品ではないので、職場で「このプロジェクトの red flag」と言っても問題ありません。恋愛文脈だと「別れた方がいい」という強い含みになります。